В семнадцатом веке был изобретен микроскоп. Краткая история развития зоологии отмечает этот момент как один из самых значимых. Ученые смогли открыть для себя новый мир мельчайших организмов, а также изучить тончайшие структуры органов многоклеточных. На этом поприще особенно выделяется голландский натуралист Левенгук, создавший четырехтомник «Тайны природы, открытые при помощи микроскопа». Именно он открыл существование инфузорий, изучил эритроциты и мышечную ткань животных.
Другим серьезным ученым тех времен стал итальянец Малышги, описавший кровеносную систему и капилляры позвоночных, основательно изучивший выделительные органы и покровы разнообразных видов.