Ещё в 1649 году Никон дал серьёзный повод для разногласий с царём: патриарх выступил против Соборного Уложения, по которому духовенство становилось подсудным светскому суду, он открыто назвал Уложение «беззаконной книгой» , «проклятым законоположением» . Никон выступал за восстановление судебного и иного иммунитета церкви, как это и предписывалось каноном.