В центре сюжета находится рассказ об истории города Глупова и его градоначальников в 1731—1826 годах. За это время в городе сменился 21 правитель, если не считать периода смуты, когда власть постоянно переходила из одних рук в другие.
Начинается повесть со слов автора, представляющегося исключительно издателем, который якобы нашёл настоящую летопись с рассказом о вымышленном городе Глупове. После небольшого вступления от лица вымышленного летописца идёт рассказ о «корни происхождения глуповцев» , в котором автор даёт первые зарисовки сатиры на исторические факты. Но собственно основная часть повествует о самых выдающихся градоначальниках города Глупова.
Дементий Варлаамович Брудастый, восьмой градоначальник Глупова правил очень непродолжительный срок, но оставил заметный след в истории города. Он выделился среди других тем, что не был обыкновенным человеком, а в голове вместо мозга у него был странный приборчик, выдававший одну из нескольких запрограммированных в него фраз. После того, как об этом стало известно, начались междоусобицы, приведшие к свержению градоначальника и началу безвластия. За недолгий срок в Глупове сменилось шесть правительниц, которые под разными предлогами подкупали солдат, чтобы захватить власть. После в Глупове воцарился на много лет Двоекуров, образ которого напоминал Александра I, потому что он, оробев, не выполнил какого-то поручения, из-за чего всю жизнь грустил.
Пётр Петрович Фердыщенко, бригадир и бывший денщик князя Потёмкина, подверг город за время своей власти голоду, пожару, а умер от обжорства, когда отправился в путешествие по подконтрольным ему землям, чтобы почувствовать себя подобным императорам, совершавшим путешествия по стране.
Но дольше всех правил Глуповым Василиск Семёнович Бородавкин, за время своей власти подвергший уничтожению Стрелецкую и Навозную слободы.
Сатирическая направленность
По своей направленности повесть является сатирой на многих исторических персон Российской империи и на некоторые события указанной в Описи Градоначальников эпохи.
Сам Щедрин говорил,
Если бы я действительно писал сатиру на XVIII век, то, конечно, ограничился бы «Сказанием о шести градоначальницах»
Но кроме явных параллелей в Сказании о шести градоначальницах, которое содержит аллюзии на императриц XVIII века Анну Иоанновну, Анну Леопольдовну, Елизавету Петровну и Екатерину II и их приход к власти через дворцовые перевороты, в повести большое количество пародий на других исторических деятелей той эпохи — Павла I, Александра I, Сперанского, Аракчеева и других.