Исследуя содержимое гнойников, ран и язв, Пастер открыл многие возбудители инфекции, в том числе стафилококк и стрептококк.
Лаборатория Пастера в те времена напоминала цыплячью ферму – ученый выявил возбудителя куриной холеры и пытался найти способ противодействия этой болезни. Профессору помогла случайность. Культура с холерными микробами была забыта в термостате. После того как высушенный вирус был введен цыплятам, они, к удивлению ученого, не умерли, а перенесли лишь легкую форму заболевания. А когда ученый заразил их снова свежей культурой, у кур не появилось ни одного симптома холеры. Пастер понял, что введение ослабленных микробов в организм может предотвратить заражение в дальнейшем. Так родилась вакцинация. Пастер назвал свое открытие в память об ученом Эдварде Дженнере, который для предупреждения оспы вводил пациентам кровь коров, зараженных безопасной для человека формой этой болезни (слово «вакцина» происходит от латинского vacca – «корова»).
После удачного эксперимента с курами Пастер разработал вакцину от сибирской язвы. Предупреждение этого заболевания у скота сэкономило правительству Франции огромные деньги. Пастеру была назначена пожизненная пенсия, он был избран во Французскую академию наук.