Голонасінні складають деревний ярус лісів помірної зони. Вони є постачальниками кисню й органічних речовин, середовищем проживання тварин та їхньою їжею, добре очищують повітря не тільки від бруду, але й від шкідливих мікроорганізмів, беруть участь у кругообігу води та інших речовин.
З серцевини саговника пониклого виготовляють крупу саго. Крупне насіння сибірського кедра, так звані "кедрові горішки", вживають в їжу.
Породи дерев використовуються як паливо, будівельні матеріали (вагонобудування, кораблебудування, авіація, виготовлення музичних інструментів тощо).
Соснові бруньки, ялицева олія, хвоя застосовуються для виготовлення лікарських препаратів.
У хімічній промисловості з голонасінних одержують смоли й ефірні олії.
Голонасінні є декоративними й полезахисними рослинами.