Грибы играют важную роль в круговороте веществ в природе, в связи с чем, значение грибов чрезвычайно велико. Эти организмы-сапротрофы разлагают органические соединения почвы до минеральных, которые в дальнейшем усваиваются растениями. Почвенные грибы, в первую очередь плесневые, играют исключительную роль в почвообразовании. Так, в лесу грибы, благодаря своей способности образовывать различные ферменты, осуществляют процесс разложения подстилки из листвы и древесины. Также в грибнице многих грибов накапливаются органические вещества, которые после ее разрушения превращаются в перегной. Научный факт, что микориза (симбиоз грибов и растений) положительно влияет на жизнедеятельность растений. Кроме шляпочных грибов, микоризу образуют и многие плесневые грибы. Они могут находиться во взаимовыгодных взаимоотношениях с травянистыми растениями, в том числе культурными видами. Многие животные употребляют в пищу плодовые тела шляпочных грибов, к примеру, млекопитающие (белки, грызуны, кабаны, косули), насекомые, птицы, т.д. Отрицательное свойство некоторых грибов – они могут являться паразитами некоторых растений и высших животных. Грибы-паразиты (трутовики, плесневые грибы) могут разрушать деревья, полностью уничтожить пораженные растения способны фитофтора, мучнисторосяные грибы.