Затяжная война между династией Шайбанидов и Казахским ханством нанесла серьезный урон земледельческому и кочевому скотоводческому хозяйству обоих государств, затормозила развитие городов. Переход из рук в руки городов, отсутствие сильной власти, бесконечные грабежи, изъятие у населения продуктов питания, упадок ремесел и торговли, уменьшение поголовья скота, разрушение хозяйства земледельческих районов привели к обнищанию населения.
В то же время установление казахскими ханами добрососедских отношений с другими государствами, присоединение присырдарьинских городов к Казахскому ханству способствовали оживлению хозяйственно-экономических связей, хотя и не смогли приостановить всеобщего спада в развитии городов.