Если написанное вошло в силу или стало известно, то этого уже не изменить, не исправить; приходится смириться. Говорят, когда придают большое значение документу или тому, что написано, зафиксировано. Пословица свидетельствует о высокой народной оценке письменного слова, которому придается значение документа, обязательства.
Я эту пословицу что написано пером, того не вырубишь топором , понимаю именно так.