Водные маршруты Японии насчитывают 1770 км. У всех побережий можно увидеть морские японские суда. Статус важных морских портов имеют 22 города-порта: Хиросима, Кобе, Тиба, Химедзи, Токио и другие. Паромы связывают остров с его мелкими островами. Международные пассажирские маршруты запланированы во многие страны, в том числе в Южную Корею, Россию, Китай, Тайвань. За счет строительства мостов в прибрежных зонах количество прибрежных паромов сократилось.
В пределах города можно воспользоваться службой такси. Но здесь есть своя особенность. Если у машины горит зеленый огонек, то это значит, что она занята. Ну а красный цвет означает, что машина свободна. Если же машина движется по телефонному вызову, то у нее горит желтый цвет. В том случае, если пассажир потеряет в такси любую личную вещь, он может получить за нее 100% компенсацию.