У животных репродуктивные системы представителей разных полов одного вида нередко сильно отличаются . Эти отличия приводят к созданию новых комбинаций генетического материала, что может привести к большей приспособленности потомства. Некоторые вещества также играют важную роль в репродуктивной системе животных. Функционирование репродуктивной системы регулируется эндокринной системой организма, задающей биологические ритмы, имеющие циклический характер с циклами различной периодизации у разных биологических видов. Окончание созревания репродуктивной системы хронологически приурочено к максимальному физическому развитию индивида.Органы репродуктивной системы человека представляют частный случай репродуктивной системы плацентарных млекопитающих. Они включают как гонады, вырабатывающие половые клетки, так и органы, выносящие эти клетки в зону контакта при их совокуплении — половой член мужчины и влагалище женщины, а также матку, где образуется и созревает эмбрион, плод. Через влагалище в репродуктивную систему женщины попадают мужские половые клетки для оплодотворения и через него же происходит рождение ребёнка. Заболевания репродуктивной системы человека включают врожденные нарушения развития, в том числе дифференциации, а также травмы и воспаления, включающие инфекционные болезни, передаваемые половым путём.