XVI в., в частности годы правления Ивана IV, считаются одной из мрачных полос в истории Российского государства. Именно на этот век пришлось наиболее сильное изменение Боярской Думы, как государственного органа управления.
Эпоха боярского правления в малолетство Ивана IV ознаменовалась лишь ожесточенною борьбою между боярскими родами князей Телепневых-Оболенских, Шуйских, Бельских и Глинских; представители каждого рода хотели стоять во главе Думы, выказывая непосредственное и преобладающее влияние на ход государственной жизни, каждый род старался "засесть" другой. Пошли в ход обоюдные клеветы, подозрения, заточения, убийства.
Тяжкая эпоха боярского правления не могла не отозваться па впечатлительном характере юноши-государя: она определила его отношения к боярству в последующие годы государствования его. Одною из первых забот Ивана IV в начале правления была реорганизация Думы Государевой. Царь советовался с этою Думою обо всех важнейших делах: при посредстве ее отправлялся суд, производилось назначение воевод и военное устроение, раздавались вотчины и поместья, сказывались высшие придворные чипы. Дума же в свою очередь контролировала деятельность царя.
Новая Дума оказалась вполне на высоте признания своего и ее влияние следует видеть в созвании первого земского собора, исправлении Судебника и во всех лучших начинаниях этой светлой эпохи царствования Ивана. Значение этой Думы было весьма велико, - она оказывала решительное влияние на ход государственной жизни.
С середины XVI в. в Боярской думе выделилась привилегированная часть (комнатная или ближняя дума), с которой царь решал ряд вопросов не собирая общих заседаний. При Иване Грозном в 1547-1580 гг. действовала "Избранная рада" из числа наиболее приближенных к царю думцев и чинов дворцовой администрации. Зачастую члены рады, например, А.Ф. Адашев, на местнической лестнице находились значительно ниже думцев, которые в этот орган не входили.
С этого же времени отношение Ивана IV к боярству резко ухудшилось. Под влиянием наущений партии противников Сильвестра и Адашева, царь стал негативно относиться к боярам. Но особенно подействовал на царя поступок бояр - приверженцев Сильвестра и Адашева - во время тяжкой болезни его 1553 г.: эти бояре у постели находившегося при смерти царя отказались целовать крест четырехлетнему сыну его Дмитрию, имея в виду возвести на престол двоюродного брата царя, князя Владимира Андреевича. Этот поступок, глубоко затронувший самую чувствительную сторону сердца Ивана - уже не мог быть забыт им по выздоровлении. С 1560 г. Иван начинает открытую борьбу с боярами. Сильвестр и Адашев удалены от двора, царь подпадает влиянию новых советников, противников партии Сильвестра и Адашева. Дума Сильвестра и Адашева падает: часть членов ее кончает жизнь от руки палача или удаляется в изгнание, другая часть постепенно вытесняется новыми элементами, направленными в новом духе политики Ивана.
Царь нуждался в освобождении из укоренившейся опеки со стороны Боярской Думы и церкви. В опричнине Иван IV видел выход из сложившейся ситуации.
В декабре 1564 г. царь со всем двором неожиданно покинул столицу и переехал в Александровскую слободу. В грамотах, посланных в Москву, Иван Грозный обвинял бояр в "измене", однако в отношении горожан говорилось, что царь на них "не гневается и опале их не подвергает". Купцы и горожане объявили, что сами готовы "потребить всех изменников", просили Боярскую Думу вернуть царя. У послов от митрополита и бояр Иван IV потребовал всей полноты власти, чтобы "опалы свои класть, а иных казнить и животы их имати". Так, объявив о своем отречении от престола и использовав поддержку московского посада, царь вырвал у Думы и Священного собора согласие на введение в государстве чрезвычайного положения.