"Что ли" пишется раздельно.
Затруднение может возникать потому, что в разговорной речи мы совсем не делаем паузы между местоимением "что" и частицей "ли", произнося их вместе: [штоли]. Однако частица ли в этом и во всех других случаях (с наречиями, существительными, глаголами, местоимениями и т.д.) пишется только раздельно.
На письме перед "что ли", как правило, нужно ставить запятую, поскольку это сочетание используется в функции вводного слова для выражения сомнения.
Например: "Ты почему так опоздал? Проспал, что ли?"