Внутрішня політика гетьмана Мазепи була безпосереднім продовженням політики Самойловича, але провадилася вона іншими темпами й подекуди іншими методами. Ця політика цілком виразно сприяла зростові козацької старшини, зміцненню її економічної бази й соціального становища й перетворенню її на зверхній стан Гетьманщини, а тим самим і на провідну верству в Козацько-Гетьманській державі.
Також І. Мазепа виступає як меценат. Він виділяє багато грошей на розвиток релігії та культурних установ, будує чудові церкви. У 1701 р. Києво-Могилянський колегіум дістає статус академії. За І. Мазепи відбувається її розквіт, кількість студентів досягає 2 тисяч. Також при І. Мазепі засновується чимало шкіл і друкарень.