Природный морфологический облик области сложился в результате деятельности последнего, Валдайского, оледенения и отражает закономерное чередование обширных равнинных и низменных пространств с отдельными холмисто-грядовыми возвышенностями. Наиболее высоко приподнятой является южная часть области. На юго-западе области располагается Вармийская возвышенность, на юго-востоке – Виштынецкая, которые разделяет долина реки Лава. Высшая точка Вармийской возвышенности достигает 101 м, Виштынецкой – до 230 м. На их склонах берут начало многие реки области – Мамоновка, Прохладная, Голубая, Анграпа с притоками Красная и Писса. К названным возвышенностям с севера примыкают пространства Прегольской низменности. Высота ее над уровнем моря от 13 до 25–30 м, что способствует образованию на ней довольно крупных заболоченных массивов. Северо-восточную часть области занимает Шешупская озерно-ледниковая равнина, на которой возвышаются отдельные холмы и берут начало притоки реки Инструча. С запада к равнине примыкает Инстручско-Самбийская холмисто-моренная гряда. Она протянулась огромной дугой почти через всю область вдоль долин Инструча и Преголи. Морскими аккумулятивными образованиями являются Куршская и Балтийская косы с живописными эоловыми ландшафтами. Песчаные дюны Куршской косы на большей ее части имеют малую абсолютную высоту – до 30 – 40 м, но у поселка Морское достигают 68 м. Для обеспечения охраны природы косы образован Государственный природный национальный парк «Куршская коса». Дюны Балтийской косы несколько меньше по размерам, чем на Куршской косе, и высота их обычно не превышает 40 м. Большая часть территории – низменность, на юго-востоке – Балтийская гряда (высота до 230 м). На юго-западе области располагается Вармийская возвышенность, на юго-востоке – Виштынецкая. Реки области являются не только важными транспортными артериями, но имеют большое значение в водоснабжении многих городов. В области насчитывается 38 озер площадью 10 га и более. Число озер меньшей площади, по приблизительным данным, составляет около 4 тысяч. Кроме того, вблизи населенных пунктов, на территории городов и поселков имеется много рукотворных прудов и водохранилищ. Балтийское море принадлежит к бассейну Атлантического океана, а по классификации морей – к средиземным внутриматериковым морям. Оно со всех сторон окружено сушей и только узкими и мелководными проливами Эресуну, Большой и Малый Бельт соединяются с Северным морем, а затем с Атлантикой. Площадь моря – 386 тыс. км2. Оно сравнительно неглубокое (преобладают глубины от 40 до 100 м), а наибольшая глубина – 459 м. Благодаря поступлению большого количества речных вод и слабому водообмену с океаном, Балтийское море имеет невысокую соленость: в литре воды содержится от 4 до 11 граммов соли (в водах Мирового океана содержится до 36 граммов солей). Береговая линия Балтийского моря изрезана заливами. В их число входят Куршский, Калининградский и Вислинский заливы – мелководные лагуны, отдалены от моря узкими косами. С морем их соединяют проливы шириной всего 300 – 400 метров. Мелиоративная освоенность земельных угодий в области достигает 90%. Растительный покров области относится к лесной зоне, подзоне смешанных хвойно-широколиственных лесов. Лесистость области достигает 22%. Пониженные участки почвы с длительным избыточным увлажнением заняты ольховниками и черноольшанниками. Они широко представлены в Славском, Полесском, Гвардейском и Зеленоградском районах. Куршская и Вислинская косы занимают особое место на территории Калининградской области и не только в силу их уникального местоположения, но и по значимости их для территории и России в целом. Именно поэтому Куршская коса с 1988 года является государственным природным национальным парком. Уникальной ее делают дюнные ландшафты – 60-метровые песчаные дюны, сосновые леса, соседство моря и залива, животные, охраняемые человеком – лоси, олени, кабаны. Однако, эта территория одновременно и очень экологически уязвима – со стороны природы (частые размывы) и человека (разрушение растительного покрова и, как следствие, деградация дюн). Балтийская (Вислинская) коса не уступает по привлекательности и природной ценности Куршской косе. Расположенная в пограничной зоне, она долгое время оставалась недоступной для туристов.