От хвощей и плаунов папоротники отличаются тем, что имеют листья гораздо развитее и крупнее стеблей, тогда как у хвощей и плаунов наблюдается обратное.
Папоротники относятся к отделу Высших растений. Для них характерно наличие корней и листьев, чередование поколений – бесполого (спорофита) и полового (гаметофита) . Бесполое поколение преобладает. Спорофит папоротника – это травянистое или древовидное растение с крупными, многократно рассеченными листьями (молодые листья улиткообразно свернуты) . Листья папоротника характеризуются дифференциацией верхней и нижней поверхности листовой пластинки. У большинства папоротников проводящая система представляет собой сифоностелу – проводящие ткани находятся вокруг паренхимной сердцевины. Многие папоротники не способны к вторичному росту стебля . Ксилема обычно состоит из трахеид, но у орляка и марсилеи есть также настоящие сосуды. Есть придаточные корни, которые, вероятно, произошли из видоизмененных подземных корневищеподобных органов риниофитов.
Папоротники отличаются разнообразием форм, внутреннего строения и размеров. Листья их варьируют от многократноперисто-рассеченных до цельных, от гигантских – длиной 5–6 м (мараттиевые и циатейные) и даже до 30 м (вьющиеся листья у представителей семейства Схизеевых) , до крошечных листьев длиной всего 3–4 мм, образованных 1 слоем клеток (представители семейства Гименофилловых) . Длина стебля изменяется от нескольких сантиметров до 20–25 м (представители рода Циатея) . Они бывают подземными (корневища) и надземными, прямостоячими и вьющимися, простыми и ветвистыми. Чаще спорангии находятся на листьях ; у некоторых листья дифференцированы на спороносные (спорофиллы) и вегетативные, зеленые (или же дифференцированы сегменты одного и того же листа, как, например, у чистоуста) . У большинства видов спорангии расположены на нижней стороне листа, они относительно мелкие, с однослойной стенкой и образуют мало спор. Папоротники могут размножаться вегетативно – корневищами, а также с помощью выводковых почек, образующихся на листьях .