Главное отличие: у мхов в цикле развития преобладает гаплоидное (n) половое поколение - гаметофит (тупиковая ветвь в эволюции) , а у папоротников - диплоидное (2n) бесполое поколение - спорофит.
Спорофит у мхов представлен спорогоном - коробочкой на ножке, в которой созревают споры; она лишена хлорофилла и паразитирует на гаметофите (зеленом растении мха) .
У папоротников спорофит - то растение, которое мы обычно называем папоротником; на его листьях созревают споры. Гаметофит же - маленький заросток, развивающийся в течение 1-3-5 лет, на котором в гаметангиях (оогониях и антеридиях) созревают половые клетки - гаметы.