В заповеднике более 500 видов птиц. Из хищных птиц широко распространены канюк, черный коршун, ястребы, встречается иногда хохлатый осоед и малый перепелятник, гнездятся чеглок и пустельга. Водоплавающих птиц немного. В долине р. Темник и на побережье озера Байкал гнездятся кряква и чирок-свивтунок. На южных склонах встречаются горбоносый тюрбан. В высокогорьях распространены представители семейства куриных. Обычны тундряная куропатка, обыкновенный глухарь, рябчик. Кулики появляются в заповеднике только в период сезонных миграций. По берегам горных рек встречаются перевозчик, его наибольшая численность в районе Р. Темник. В начале лета слышны голоса глухой и обыкновенной кукушек. Сов в заповеднике мало, из них встречаются ушастая и большая совы, длиннохвостая неясыть и воробьиный сыч. В альпийском поясе встречается беркут. На пролете можно увидеть степного орла, могильника, орлана-белохвоста, балобана. Во время миграции большое количество птиц скапливаются на побережье Байкала. На зимовку в урожайные годы остаются больше птиц, среди них дрозды и сибирская чечевица. Обычно в заповеднике зимуют обыкновенный поползень, буроголовая и сероголовая гаички, кедровка, кукша, дятлы.