Нужно смотреть в контексте, если у вас весь рассказ строился на прошедшем времени, то и здесь будет in the morning my mother cooked breakfast(если приготовила и вы уже поели)
если обычное привычное время, то in the morning my mother cooks breakfast for us
если же она готовила(прошедшее время), но вы еще не поели, то in the morning my mother was cooking the breakfast for us