Третье отделение занималось сыском и следствием по политическим делам, осуществляло цензуру (до 1865), боролось со старообрядчеством и сектантством, ведало политическими тюрьмами, расследовало дела о жестоком обращении помещиков с крестьянами, позднее надзирало за революционерами.
Фактически это был высший орган политической полиции.