Здесь разницы нет, так как берется один и тот же расчет 40 % годовых. Разница только в том, что компания Y всю годовую сумму процентов выплатит двумя равными частями - через 6 месяцев и через 12, а компания Х выплатит всю годовую сумму процентов единоразово.