Образ Пушкинского Пугачева в капитанской дочке, в отличие от многих других попыток в XIX веке осмыслить эту необычную фигуру в истории, это прежде всего незаурядная личность и в то же время человек, не лишенный недостатков. В нем органично сочетаются и качества смелой личности, вождя и организатора народного движения и удалого разбойника с «загубленной головушкой». Об этом говорит и эпиграф, предпосланный главе «Вожатый», которая знакомит читателя с обликом Пугачева: «...сторона незнакомая!... Завела меня, доброго молодца, простота, бодрость молодецкая и хмелинушка кабацкая» (из старинной песни). В этом эпиграфе — значительная часть авторской характеристики Пугачева. И первая встреча читателя с Пугачевым сопровождается нелестными эпитетами «черное», «воз не воз», «волк или человек», «добрый молодец» и т. п. Однако это вовсе не значит, что Пушкин в образе «доброго молодца» Пугачева видел личность только отрицательную. Образ Пугачева при всем этом, с одной стороны, «овеян искренним и глубоким сочувствием поэта», с другой — реалистичностью изображения Емельяна Пугачева — таким, каким он был на самом деле:
Вот мой Пугач — при первом взгляде Он виден: плут, казак прямой! В передовом своем отряде Урядник был бы он лихой.
(Из письма к Денису Давыдову)
В повести Пушкин часто указывает на такие качества характера Пугачева, как пытливость, большой разум, смекалка; он свободен от рабского унижения, так характерного для множества крестьян. Образ Пугачева в значительной мере раскрывается в сценах и картинах взаимоотношений с Петром Гриневым. Судьба Петра Гринева переплетается с семьей Мироновых — комендантом крепости Иваном Кузьмичом, его женой, Василисой Егоровной, дочка Машенькой, и дуэлянтом и повесой Швабриным.
Глубокая связь Пугачева с беднейшими слоями населения, жесткая, доходящая до жестокости непримиримость к дворянству, помещикам-крепостникам и, вместе с тем, христианское великодушие, какая-то присущая только Пугачеву наивная гуманность, лихой героизм, большой необразованный талант, упакованный в казацкую обывательскую скорлупу, и казачья удаль — таковы ведущие черты характера Пугачева, раскрытые Пушкиным в ходе изображения крестьянского восстания и его разгрома.