Самая заметная часть папоротников -крупные листья, или вайи. Вдоль центральной оси зрелого листа пролегает средняя жилка с мелкими боковыми ответвлениями. Почти у всех папоротников перистые листья, но, например, у листовника сколопендрового (Phylli-tis scolopendrium) листья лопастные.
Формы и размеры стеблей у папоротников различны - от высоких стволов до коротких корневищ, стелющихся под землей, как у некоторых сортов ириса. Наиболее типичны именно корневища, но многие папоротники похожи на лианы, кустарники или деревья. Листья древовидных папоротников растут прямо из стебля, а их подсохшие пазухи укрепляют его, выполняя опорную функцию. Сами стебли покрыты бурыми волосками, или чешуйками.
Корни папоротников тоже растут из стебля, но в остальном ничем не отличаются от корней цветковых растений и состоят из центрального влагопроводящего ствола и множества мелких боковых корешков, всасывающих воду из почвы. Правда, по мере старения корни папоротников не утолщаются.