Основная причина - географическое положение заливов. Гвинейский залив располагается в экваториальных широтах, где ежедневные дожди, снижающие соленость. А Калифорнийский залив находится в тропических широтах, где осадков выпадает крайне мало.
Вторая причина - впадение рек. Река Конго, несущая воды в Гвинейский залив - вторая по полноводности в мире; она также распресняет воды залива. Размеры реки Колорадо, ее полноводность несоизмеримо меньше.