Он расположен на северном и южном склонах Западного Кавказа. Собственно заповедником эта территория объявлена 12 мая 1924 года декретом Совнаркома РСФСР, но история сохранения уникального природного комплекса началась значительно раньше, с момента организации в 1888 году Великокняжеской "Кубанской охоты".
Являясь крупнейшей охраняемой территорией Кавказского перешейка и вторым по величине в Европе, заповедник занимает земли Краснодарского края, Республики Адыгея и Карачаево-Черкесской Республики. Общая площадь заповедника - более 280 тыс. га. Управление заповедника расположено в Адлере, а в Майкопе находится Адыгейское научное отделение. В штате заповедника - более 100 человек, структурно входящих в научный, охранный и эколого-просветительский отделы.
Кавказский заповедник - богатейшая сокровищница биоразнообразия, не имеющая аналогов в России. Он имеет международное эталонное значение, как участок нетронутой природы, сохранивший первозданные ландшафты с уникальной флорой и фауной. Не случайно в 1979 году заповедник получил статус биосферного и вошел в Международную сеть биосферных резерватов, а в декабре 1999 года был включен в список объектов Всемирного природного наследия ЮНЕСКО.
Территория заповедника представляет собой типичный горный ландшафт и характеризуется высотными отметками от 260 до 3360 м над уровнем моря. Основа его рельефа - Главный Кавказский хребет, протянувшийся с северо-запада на юго-восток. Самые западные вершины - Аутль (1856 м), Хуко (1906 м).
Заповедник расположен на границе умеренного и субтропического климатических поясов. Теплый и влажный климат в низкогорье имеет субтропический характер с положительными средними температурами января (+4,2) и высокими средними температурами июля и августа (+20 и 21). В горах снежный покров держится 5 и более месяцев. Основные повчы заповедника - бурые горно-лесные и горно-луговые.
Флора Кавказского заповедника насчитывает около 3000 видов, из которых более половины - сосудистые растения. Преобладающими семействами являются астровые (223 вида), мятликовые (114), розанные (108), бобовые (82) и т.д.
Заповедник является естественным хранилищем большого числа ставших редкими в других уголках планеты видов растений и животных. В Красную Книгу России занесено 55 видов растений, произрастающих на территории Кавказского заповедника. Кроме видов, занесенных в Красные Книги разного уровня, в заповеднике встречаются редчайшие растения, по разным причинам не попавшие в официальные списки угрожаемых видов. Особо следует выделить узколокальных эндемиков, ареал которых практически не выходит за пределы заповедника (колокольчик Оттрана, лютик Елены, волчеягодник черкесский, падуб узкоплодный и многие другие).
В заповеднике обитает 89 видов млекопитающих, 248 видов птиц, в том числе 112 гнездящихся, 15 видов пресмыкающихся, 9 земноводных, 21 - рыб, 1 - круглоротых, более 100 видов моллюсков и около 10000 видов насекомых. Точное число видов червей, ракообразных, паукообразных и многих других групп остается невыясненным.