Основными способами защиты от загрязнения почв являются защита их от водной и ветровой эрозии; организация севооборотов и системы обработки с целью повышения их плодородия; мелиоративные мероприятия, направленные на борьбу с заболачиванием, засолением почв; рекультивация нарушенного почвенного покрова; защита почв от загрязнения, а полезной флоры и фауны — от уничтожения; предотвращение необоснованного изъятия земель из сельскохозяйственного оборота.
Борьба с эрозией почв проводится на основе комплекса мер, включающего землеустроительные, связанные с распределением угодий по степени их устойчивости к эрозионным процессам; агротехнические — почвозащитные севообороты, контурная система выращивания сельскохозяйственных культур, при которой задерживается водный сток, химические средства борьбы и др. ; лесомелиоративные — полезащитные и водорегулирующие лесные полосы, лесные насаждения в оврагах и балках; гидротехнические — каскадные пруды и др. При этом следует учитывать, что гидротехнические мероприятия останавливают развитие эрозии на определенном участке сразу же после их реализации, агротехнические — через несколько лет, а лесомелиоративные — через 10-20 лет после их внедрения. Для почв, подверженных сильной эрозии, необходим весь комплекс противоэрозион-ных мер, включающий полосное земледелие — такую организацию сельскохозяйственной территории, при которой прямолинейные контуры полей чередуются с полезащитными лесными полосами; почвозащитные севообороты для защиты почв от дефляции; облесение оврагов; бесплужные системы обработки почв с применением культиваторов и плоскорезов; различные гидротехнические мероприятия — устройство каналов, валов, канав, террас, сооружения водотоков, лотков и др.
Для борьбы с заболачиванием почв применяют различные осушительные меры с целью понижения уровня грунтовых вод с помощью закрытого дренажа, открытых каналов или водозаборных сооружений, строительства дамб, спрямления русел рек для защиты от затопления, перехвата и сброса атмосферных склоновых вод и др. Однако чрезмерное осушение больших площадей может вызвать нежелательные изменения в экосистемах — переосушку почв, их дегумификацию и декальцинирование, а также вызвать обмеление малых рек, усыхание лесов.
Для предупреждения вторичного засоления почв необходимо устраивать дренаж, регулировать подачу воды, применять полив дождеванием, использовать капельное и прикорневое орошение, выполнять работы по гидроизоляции оросительных каналов и т. д.
Для предотвращения загрязнения почв пестицидами и другими вредными веществами используют экологические методы защиты растений, повышают природную способность почв к самоочищению, не применяют особо опасные и стойкие инсектицидные препараты и др. Например, широко используется разведение и выпуск в агроэкосистемы насекомых-хищников — божьей коровки, жужелицы, муравьев и др. (биологическая защита) , внедрение в природные популяции видов или особей, не способных давать потомство (генетический метод защиты) , оптимизация размеров отдельных полей для подавления нежелательных видов (агротехнический метод) и др.
Изъятие пахотных земель для капитального строительства и других целей может происходить лишь в исключительных случаях. Для сохранения продуктивности земель необходимо расширять использование для строительства условно непригодных для сельского хозяйства земель, прокладывать коммуникации под землей, повышать этажность застройки городов и населенных пунктов и т. д.
При проведении строительных и иных работ, связанных с механическим нарушением почвенного покрова, предусматривается снятие, сохранение и нанесение плодородного почвенного слоя на нарушенные земли. Плодородный слой вывозится и складируется в специальных временных отвалах —буртах. Нанесение почвенного плодородного слоя на нарушенные земли производится не позднее одного года с момента окончания подготовительных работ по формированию рельефа.