На примере нас с вами:
У человека ночью, когда освещения мало или вообще нет, это регистрируется клетками на сетчатке глаза и сигнал посылается в часть мозга под называнием "эпифиз". Тогда эпифиз начинает вырабатывать гормон мелатонин, который кроме прочих своих чудесных функций регулирует суточные ритмы. Действует усыпляюще на организм.
У рептилий, кстати, есть особая структура, которая так же реагирует на отсутствие света, посылая нервный импульс к эпифизу, но в отличие от людей и других млекопитающих, она расположена на поверхности тела, из-за чего ее иногда называют третьим глазом.