У рептилий, в отличии от земноводных, лучше развиты полушария переднего мозга, появились зачатки коры. Эти различия связаны с более сложным поведением рептилий. Еще у рептилий намного лучше развит мозжечок из-за повышенной активности (во время охоты, например). Также за счет больших размеров улитки(внутреннего уха) лучше развит слух. У некоторых пресмыкающихся имеется термолокатор, необходимый для охоты на теплокровных животных в ночное время.