До Петра I в России коллекционировали в основном предметы искусства и исторические ценности, в состав же петровского собрания вошли экзотические растения и животные, анатомические препараты, оружие, инструменты, посольские дары и этнографические редкости. «Курьёзными» , достойными внимания публики, Пётр I и его последователи считали и те изделия, которые изготовил сам царь: кубок из кокосового ореха, вазу из копыта лося, костяную табакерку и многое другое. Лейбниц советовал устроить музей так, «чтобы они служили не только предметом общего любопытства, но и средствами для усовершенствования художеств и наук» .
Большая часть анатомического собрания принадлежала Фредерику Рюйшу, профессору ботаники и анатомии. Он изготовил уникальную коллекцию по анатомии и эмбриологии. В 1717 году неравнодушный к диковинкам Пётр Великий купил 937, входящих в неё препаратов. Рюйш, собиравший свою коллекцию полвека, согласился продать её только русскому царю. Рюйш верил, что этот человек умеет ценить редкости и сумеет сохранить это необычайнейшее собрание для потомков.
По инструкции царя библиотекарь и хранитель «государева Кабинета» Иоганн Шумахер объехал крупные города Европы и, посещая «музеи учёных людей, как публичные, так и приватные» , а также аукционы, покупал картины, рисунки, зеркала, раковины, минералы, старинные предметыЭкспонаты кунсткамеры