Как бы минусов как таковых у них нет, но есть некие особенности которые они делают или которые им не достаёт.
Во первых они вырастают до 30 метров в высоту и загромождают солнце для других растений. Во вторых голосеменные хоть и высшие растения, но имеют упрощенный гаметофит. В третьих их семена отрыты поэтому их и назвали голосеменные, в отличии от покрыто семенных. Также хочется отметить, что они очень светолюбивы и без света не смогут выжить.