Фернан Магеллан родился в провинции провинция Траш уш Монтеш, Северная Португалия весной 1480 года. Он сын Педро Руи ди Магалаиша, мэра города и его супруги Алде ди Мескита. В семье также растет брат Диого ди Соуса и сестра Изабель.Родители Фернандо умерли в 1490 году. В возрасте 12 лет Фернан Магеллан становится пажем при дворе короля Иоанна II и королевы Элеонор в столице Лиссабона, куда за два года до него переехал его брат. Там, вместе со своим двоюродным братом, Франсиско Серано,Фернан Магеллан продолжил свое образование в области географии и астрономии. По мнению некоторых его биографов, возможно, он был учеником Мартина Бехейема. В 1496 году Фернан Магеллан получил звание оруженосца.