Всё очень просто.
До изобретения артиллерии города обносили толстыми неприступными стенами, в них прорубали основные "двери" - Главные ворота, хорошо укреплённые и охраняемые. Эти ворота запирались на ночь и во время обороны от захватчиков. Символические ключи от них - это и есть ключи от города, их торжественно передавали неприятелю, надеясь тем самым избежать грабежей и насилия со стороны вражеских солдат.
"Отдать ключи" - без боя сдаться на милость завоевателя, свободно пропустить в город, не препятствовать вражеской армии расселяться в домах горожан.
Наполеон ждал делегацию московских жителей с признанием его прав на Москву. Но так и не дождался