При Алексее Михайловиче создалось много новых приказов. Некоторые из них вызывались военными обстоятельствами и исчезали в мирное время: так, исчезли ещё при Алексее Михайловиче приказы столовых и счетных дел, полоняничный, денежной раздачи, литовский, лифляндских дел. Кроме них, при нём были основаны приказ тайных дел, хлебный приказ, панихидный, рейтарский, счетных дел, строения богаделен, монастырский, смоленский, малороссийский.