Для укрепления роли федерального Центра Президент учредил 7 федеральных округов – Центральный, Северо-Западный, Южный, Поволжский, Уральский, Сибирский и Дальневосточный, что стало началом реформы системы местного управления. Главами округов были назначены полномочные представители Президента. В короткий срок удалось решить чрезвычайно важную задачу: привести местные законы в соответствие с Конституцией России и федеральным законодательством. В округах были созданы органы прокуратуры и внутренних дел. Более 3,5 тыс. нормативных актов, принятых в субъектах Федерации, не соответствовали Конституции России и федеральным законам, 4/5 из них были приведены в соответствие.
Эти меры позволили усилить роль Центра на местах, укрепить Федерацию, возродить единое законодательное пространство России. По инициативе Президента была проведена реформа Федерального Собрания. Совет Федерации стал формироваться не из губернаторов, а из представителей регионов, избранных их законодательными органами и назначенных главами администраций. Эти решения усовершенствовали федеративное устройство России, позволили преодолеть наиболее острые противоречия, существовавшие между Центром и регионами.