Мельчайшая частица вещества это молекула. Например, молекула воды это мельчайшая частица вещества вода. Более мелких частиц вещества вода не существует.
Мельчайшая частица химического элемента это атом. Например, у химического элемента водорода мельчайшей частицей будет не молекула водорода, а атом водорода. А молекула водорода будет мельчайшей частицей вещества водород.
Мельчайшими частицами атомов являются элементарные частицы: электроны, протоны и нейтроны. Из этих трех самый маленький электрон.