В начале XV века Русская православная церковь находилась в канонической зависимости от константинопольского патриархата. Возглавлял русское духовенство митрополит, который ставился на должность в столице Византийской империи - Константинополе патриархом. Византийские власти стремились к тому, чтобы русский митрополит проводил на Руси политику, отвечавшую интересам Византии, которая в описываемое время находилась в глубоком кризисе, окруженная владениями турок османов, угрожавших самому существованию империи. С целью иметь во главе русской митрополии преданных интересам Византии людей, патриарх ставил на эту должность главным образом греков, хотя и бывали исключения - например, митрополит Киприан (1390 - 1406) (вероятнее всего, болгарин по национальности). Официальной резиденцией митрополита в то время являлся город Владимир - исторический центр Северо-восточной Руси, но фактически митрополиты проживали в Москве, что в реальности усиливало позиции московских князей и делало Москву религиозным центром Руси.
В ведении митрополита находилось многочисленное духовенство, которое делилось на две части: черное (монашествующее) и белое (мирские священники). Из числа монашествующих избирались епископы и архиепископы, называвшиеся также архиереями. Вся территория Руси делилась на епархии, во главе которых и находились епископы и архиепископы. Назначал епископов на должность митрополит. Большая часть духовенства судилась по церковным законам митрополитом или епископами и была не подведомственна светскому, княжескому суду. За суд епископы и митрополиты получали пошлины, что составляло значительную часть их доходов.
Черное духовенство (монахи) проживали обычно в монастырях, количество которых в русских землях очень быстро увеличивалось в XV - XVI вв. Монахов также называли иноками или чернецами - по цвету их одежды (отличительная черта монахов - черная одежда). Некоторые имели довольно большимие земельные владения, которые образовались или за счет пожалований князьями или за счет вкладов верующих. Самыми известными монастырями были: Троице-Сергиев, Кирилло-Белозерский, Ферапонтов, Симонов, Соловецкий. Во главе монастыря находился настоятель, называемый также игуменом или, в наиболее крупных обителях, архимандритом.
После смерти Киприана русским митрополитом стал грек по национальности Фотий (1408 - 1431), игравший большую роль в московском правительстве в период малолетства Василия II. Через несколько лет, в 30-е гг. патриарх поставил митрополитом также грека Исидора (1437 - 1441). Исидор оказался последним митрополитом на Руси, присланным из Константинополя. Разрыв с патриархией был вызван следующими событиями. Как уже отмечалось выше, Византийская империя находилась в глубочайшем кризисе, со всех сторон была окружена турками. Падение Константинополя было лишь делом времени. В таких условиях византийское правительство решило обратиться за помощью к европейским странам. Но в Европе господствующей религией был католицизм, и руководители европейских держав, подстрекаемые римским папой, явно не желали оказывать помощь православным грекам. В таких условиях император Византии принял решение согласиться на заключение Унии между католической и православной церквями. Для обсуждения вопроса об Унии был созван церковный Собор в Италии (1438 - 1439). Он называется Ферраро-Флорентийским по городам, в которых проходили заседания Собора. От русской митрополии на этом собрании присутствовал митрополит Исидор. После долгих и бесплодных споров православному духовенству пришлось уступить католикам по всем пунктам. Уния была подписана. Главой церкви признавался римский папа, признавались и католические догматы. Единственной уступкой православным было то, что сохранялись обряды восточной церкви. Византийское духовенство пошло на заключение Унии лишь под нажимом государственной власти, которая рассчитывала, что после преодоления религиозных разногласий европейские державы окажут помощь против турок. В числе подписавших Унию оказался и Исидор.
Вернувшийся на Русь в 1441 г. Исидор был арестован по приказу великого князя Василия II за измену православию. Это означало, что Русь не признает Флорентийскую унию. Через несколько дней Исидор сумел бежать из заключения, отправился в Литву, а затем оказался в Риме, при папском дворе.
После ареста Исидора встал вопрос о том, кто должен возглавить русскую церковь. Традиционное обращение в Константинополь к патриарху оказалось невозможным - Византия приняла Унию и, следовательно, изменила православию. В конечном итоге в 1448 г. русские епископы самостоятельно поставили митрополитом рязанского епископа Иону (1448 - 1461), не испрашивая санкцию патриарха. С тех пор митрополиты на Руси ставились без участия патриарха. Решающие влияние на выбор главы русской церкви имел теперь великий князь. Иона же, ставший митрополитом при помощи Василия II, оказывал ему всемерную поддержку в его борьбе с Дмитрием Шемякой.