В каком случаи используют термин "хромотин", а в каком "хромосома"?
Не хромотин, а хромАтин.
Хроматин - вещество составляющее основу цепи, а хромосома - две хроматиды - сама спирать проще говоря.
Хроматин - структурная единица ДНК, РНК, белков.
Хромосома - незамкнутая молекула ДНК (которая состоит из хроматин).