1. Покрытосеменные образуют цветок, а водоросли не цветут
2. Тело водорослей называется слань и не делится на ткани и органы
3. Цветковые могут (хотя бы теоретичски) образовать плоды
4. Цветковые никогда не растут на большой глубине, как водоросли, их тело чаще всего лежит на воде, а не под водой. Так есть возможность дышать кислородом воздуха, а не растворенным в воде.
5. Они пренадлежат к разным систематическим группам и имеют свою историю развития (эволюцию)