Президент РФ осуществляет руководство государственной администрацией как через правительство, так и непосредственно. В области исполнительной власти он наделен широкими полномочиями, которые распространяются на всю сферу государственного управления. В соответствии с Конституцией (ст. 80-90) и федеральными законами он определяет внутреннюю и внешнюю политику страны, создает органы исполнительной власти, определяет содержание и важнейшие направления деятельности ее системы. Президент назначает (с согласия Государственной Думы) и смещает Председателя Правительства, единолично назначает и смещает всех членов Правительства. Он может председательствовать на заседаниях Правительства, которое только ему подотчетно и подконтрольно. Президент вправе отменять акты Правительства РФ. Председатель Правительства обязан систематически информировать Президента о работе Правительства. Президент напрямую руководит целым рядом ведомств государственной администрации: более чем? часть федеральных органов исполнительной власти (16 из 58) находится в непосредственном подчинении Президенту РФ 3.
Таким образом, даже этот не полный перечень полномочий Президента в сфере исполнительной власти дает основания считать главой исполнительной власти РФ именно Президента РФ, а не Председателя Правительства или Правительство РФ в целом. Указания Президента по всем вопросам государственного управления обязательны для Правительства. Самостоятельность и независимость Правительства РФ в руководстве государственной администрацией допустима лишь в тех пределах и до тех пор, пока его курс отвечает программным установкам Президента и определяемым им направлениям внутренней и внешней политики. Широкие полномочия Президента РФ в сфере исполнительной власти не означает, что Правительство РФ обезличено. В пределах своей компетенции, определенной Конституцией РФ и федеральными законами оно также осуществляет руководство системой исполнительной власти, самостоятельно решает отнесение к его ведению вопросы и несет полную ответственность за свои действия. Ст. 110 Конституции устанавливает, что исполнительную власть РФ осуществляет Правительство РФ, а ст. 1 Федерального конституционного закона "О Правительстве Российской Федерации" 1997 г 4. определяет его как коллегиальный орган, возглавляющий единую систему исполнительной власти в РФ. Федеральные органы исполнительной власти находятся в ведении Правительства РФ, за исключением случаев обеспечения конституционных полномочий Президента РФ либо подведомственности Президенту в соответствии с законодательными актами Российской Федерации.
Правительство осуществляет руководство министерствами и ведомствами действующими, прежде всего, в экономической и социально-культурных сферах. Оно полностью отвечает за формирование, реализацию и результаты деятельности исполнительной власти в этих сферах. В то же время Президент непосредственно руководит государственной администрацией, осуществляющей управление в таких сферах, как оборона, безопасность, внутренние дела, иностранные дела, предотвращение чрезвычайных ситуаций и ликвидация последствий стихийных бедствий. Правительство вправе лишь координировать деятельность этих органов. Истоки такого разграничения руководящих полномочий Президента и Правительства заложены в ст. ст. 80, 83, 86, 87, 88 Конституции РФ и закреплены ст. 32 закона "О Правительстве Российской Федерации" 1997 г . Таким образом, в России, как и во многих других полупрезидентских республиках, существует дуализм (двойственность) в руководстве исполнительной властью, которое осуществляют как Президент, так и Правительство. Этот дуализм проявляется также в порядке назначения должностных лиц федеральных исполнительных органов. Правительство РФ назначает на должность и освобождает от должности всех должностных лиц государственной администрации, назначение которых остается за пределами полномочий Президента.