За полгода своего активного правления Петр 3 издал значительное количество законодательных актов, которые впоследствии послужили фундаментом для правления Екатерины 2. Особого внимания среди них заслуживают Манифест о вольности дворянской от 18 февраля 1762 года (упразднение обязательной военной службы для дворян), указ о начале секуляризации церковных земель, законодательные акты о создании Государственного банка и о свободе внешней торговли. Кроме того, Пётр III издал указ, согласно которому убийство помещиком крестьянина предусматривало в качестве наказания пожизненную ссылку.
Как важный либеральный шаг в деятельности Петра 3 историки оценивают ликвидацию Тайной канцелярии, действовавшей ещё со времён правления Петра 1. К положительным сторонам его политики можно отнести также веротерпимость. Пётр 3 прекратил преследования старообрядцев и планировал реформировать Русскую православную церковь по протестантским канонам.
Однако на деле внутренняя политика императора вызывала массу недовольства у общественности. Пётр 3 пренебрежительно относился к духовенству, оскорблял своими указами Синод, закрывал домашние церкви, чем вызвал возмущение народных масс.
В армии император стремился последовательно внедрять прусские порядки, что не прибавило ему популярности в рядах гвардейцев и настроило против него дворянство.