, власть Софьи неуклонно сыпалась: в начале сентября в Троицу ушла во главе с генералом П. Гордоном наёмная иноземная пехота — наиболее боеспособная часть русского войска. Там она присягнула царю, лично вышедшему навстречу. Высший сановник правительства Софьи, «царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель», Василий Голицын уехал в своё подмосковное имение Медведково, и устранился от политической борьбы. Активно поддерживал правительницу только начальник стрелецкого приказа Фёдор Шакловитый, всеми средствами старавшийся удержать стрельцов в Москве.
От царя пришёл новый указ — схватить (арестовать) Шакловитого и доставить в Троицу в железах (в цепях) для сыска (следствия) по делу о покушении на царя, а все, кто поддержит Шакловитого, разделят его судьбу. Остававшиеся в Москве стрельцы потребовали от Софьи выдачи Шакловитого. Она сначала отказывалась, но была вынуждена уступить. Шакловитый был отвезён в Троицу, под пыткой дал признание и был обезглавлен. Одним из последних явился в Троицу князь Василий Голицын, где он не был допущен к царю, и сослан с семьёй в Пинегу, в Архангельский край.
У правительницы не осталось приверженцев, готовых рискнуть головой ради её интересов, и когда Пётр потребовал, чтобы Софья удалилась в Святодуховский монастырь (Путивль), ей пришлось подчиниться. Вскоре Пётр решил, что держать её вдалеке небезопасно, и перевёл в Новодевичий монастырь. В монастыре к ней была приставлена стража.