Без воздуха при падении тела потенциальная энергия переходит в кинетическую.
С воздухом потенциальная энергия переходит в кинетическую и в тепловую (нагревается тело и воздух).
Сама по себе сила трения воздуха никак не действует на потенциальную энергию, действует только на то, в какие виды энергий потенциальная переходит.
Разве что можно заметить, что при наличии воздуха тело падает медленнее, поэтому одно и то же расстояние тело проходит за большее время, т.е. с воздухом нужно больше времени, чтобы потенциальная энергия уменьшилась на какую-то нужную величину.