Отличается способом приготовления.
Пудинг готовится на водяной бане, затем охлаждается. Или выпекается при низкой температуре.
Запеканка готовится только в духовом шкафу (духовке).
Еще различаются консистенцией. Для пудинга творог надо хорошо растереть, чтобы не было крупинок. Муки для пудинга берут меньше. Яичные желтки взбиваются отдельно от белков, в тесто вводят сначала желтки, а белки, взбитые в пену, уже в конце, поэтому и получается пудинг пышнее, воздушнее и нежнее, чем запеканка, похож на суфле.
Пудинг является десертом, а запеканка употребляется как десерт, и как основное блюдо.