1) Покровы тела
Земноводные: гладкая тонкая кожа, богатая кожными железами, выделяющими слизь, которая может быть ядовитой или облегчать газообмен.
Пресмыкающиеся: ороговевшая сухая кожа, образует чешуйки или щитки.
2) Опорно-двигательная система
Земноводные: скелет состоит из скелета головы туловища и конечностей. позвоночник из 4 отделов (шейный, туловищный, крестцовый, хвостовой), рёбер нет.
Пресмыкающиеся: скелет головы, туловища, конечностей. Позвоночник состоит из 5 отделов (шейный, грудной, поясничный, хвостовой). Появляются роговые когти, рёбра.
3) Дыхательная система, органы дыхания
Земноводные: кожа и лёгкие
Пресмыкающиеся: лёгкие
4) Пищеварительная система
Земноводные: впервые появляются слюнные железы
Пресмыкающиеся: появляется слепая кишка
5) Кровеносная система
Земноводные: сердце в начале жизни 2-х-камерное, при переходе на сушу становится 3-х-камерным, 2 круга кровообращения.
Пресмыкающиеся: сердце - 3-х-камерное с неполной перегородкой в желудочке (у крокодилов 4-х-камерное), 2 круга кровообращения.
6) Выделительная система
Земноводные: туловищные почки (2) - мочеточники (2) - клоака - мочевой пузырь
Пресмыкающиеся: тазовые почки (2) - мочеточники (2) - клоака - мочевой пузырь
7) Нервная система
Земноводные: состоит из головного и спинного мозга. Более развит передний мозг.
Пресмыкающиеся: состоит из головного и спинного мозга. Лучше развиты все отделы головного мозга. Появляется незначительная кора переднего мозга
8) Органы чувств
Земноводные: глаза (появилась выпуклая роговица, линзовидный хрусталик, подвижные веки), уши (появилась полость среднего уха, 1 слуховая косточка), наружные и внутренние ноздри, язык, кожа, боковая линия (у головастиков)
Пресмыкающиеся: глаза (появилось третье веко), уши, чувствительные клетки с осязательными волосками, нос, язык.
9) Размножение
Земноводные: половое, развитие в воде, с превращением
Пресмыкающиеся: половое, из яйца выходит сформировавшаяся рептилия.