История человечества часто складывалась под влиянием рек, которые обеспечивают водой, транспортом и служат средством удаления отбросов.
Хотя общая площадь поверхности рек и ручьев невелика по сравнению с площадью океанов и суши, реки принадлежат к природным экосистемам, наиболее полно используемым человеком. Так же как и в случае с эстуариями, необходимость в многостороннем использовании в противовес одностороннему использованию таких экосистем, как пахотные земли, требует, чтобы различные аспекты (снабжение водой, удаление отбросов, рыбная продуктивность, управление паводком и т. д.) рассматривались в связи, а не как совершенно изолированные проблемы.
С точки зрения энергетики, реки и ручьи являются замкнутыми экосистемами; это значит, что некоторая, «подчас довольно большая, часть потока энергии получается из органического вещества, поступающего из смежных наземных экосистем (или иногда из смежных озер). Как наилучший способ определения этой привносимой доли, он представляет собой проблему экологии, пока еще не разрешенную. Поскольку водные потоки по природе хорошо приспособлены к приему органического вещества, их можно считать идеальными системами для сброса органических отходов при условии, что нагрузка будет не слишком велика. Здесь достаточно сказать, что кислород и взвешенные в воде вещества являются двумя факторами, которые часто становятся ведущими.
Экологи, занимающиеся текучими водами, склонны рассматривать в этих экосистемах два подтипа: 1) потоки, в которых ложе возникло в результате эрозии, а потому является плотным; 2) потоки, в которых идет процесс седиментации и, следовательно, дно образовано мягкими осадками. Во многих случаях эти явления попеременно встречаются в одном и том же потоке в виде участков с быстрыми и участков с тихими заводями на небольших реках. Водные сообщества в этих двух участках совершенно различны по причине довольно больших отличий в условиях существования. Сообщества заводей похожи на таковые в прудах, богатых развитием фитопланктона; виды рыб и водных насекомых таковы же или близки к наблюдаемым в прудах и озерах. Жизнь быстрин с твердым дном, однако, представлена более своеобразными и специализированными формами, вроде ручейников (Trichoptera), прядущих сеть для вылавливания частиц пищи из проточной воды.
Огромные массы воды циркулируют между природой и высокоиндустриализированными сообществами человека; только очень малая часть воды используется для физиологических нужд человека. Этот круговорот во многих местах является настолько быстрым, что дезинфекционные и другие стойкие отходы не успевают разложиться в природе прежде, чем вода опять поступит в водопроводный кран. Проблема воды является столь критической, что федеральное правительство США недавно было вынуждено учредить ряд местных лабораторий по исследованию воды, где совместно могут работать гидрохимики, санитарные инженеры и гидроэкологи.