При этом, полукруглое темное облачко на севере еще более потемнело и стало чернее тайги.
Пояснение:
При этом - вводное словосочетание (нужна запятая).
Полукруглое тёмное - прилагательные, описывающие предмет (облачко) с разных сторон (не нужна запятая).
Потемнело и стало - однородные сказуемые, которые связаны союзом "и" (не нужна запятая, так как есть союз).