Последняя треть 30-х гг. ознаменовалась новой волной политических репрессий, принявших массовый характер. Укрепление культа личности Сталина и нетерпение всяческого инакомыслия, попытки все трудности развития страны объявить результатом деятельности «врагов народа» привели к физическому устранению почти всех сколько-нибудь влиятельных лидеров, могущих составить оппозицию правящему режиму, т.е. руководящих партийных и советских работников.
Для начала карательных мер против казахской национальной интеллигенции поступило непосредственно письмо Сталина. «Я целиком за привлечение беспартийных интеллигентов к советской работе. - писал Сталин 29 мая 1925 г. в письме, направленном в Алматы и сыгравшем роковую роль S судьбе казахской интеллигенции. - Я также за то, чтобы беспартийные быт привлечены к делу насаждения киргизской культуры и решительно против того, чтобы они быт допущены к делу борьбы на политическом и идеологическом фронте. Я против того, чтобы беспартийные интеллигенты занимались политическим и идеологическим воспитанием киргизской молодежи.
В конце 40-х - начале 50-х гг; жертвами подобных несправедливых политических обвинений стали видные ученые-обществоведы республики: А. Жубанов, X. Жумалиев, Б. Сулейменра, Е Исмаилов, Л. Домбровский. Президент АН Казахской ССР К. Сатпаев и выдающийся писатель и ученый М. Ауэзов, Т. Тажибаев - ректор КазГУ, подвергшие гонениям, вынуждены были оставить Казахстан. Ряд ученых-биологов, медиков и геологов, обвиненных космополитизме, также были изгнаны из научных учреждений и кафедр вузов республики.