Профессор не скрывает неприязни к революции и новым революционным порядкам. Он не принимает новых правил жизни. Научный поиск, любимая работа для него важнее всего, поэтому ему приходится идти на компромисс с новой властью: он лечит ее представителей, а она обеспечивает ему сносные условия существования и относительную независимость. Открытое противостояние властям означало бы лишение квартиры, возможности работать, а может быть, и самой жизни. Профессор сделал свой выбор, к нему обращается много пациентов. Преображенский уверен, что тот, кто работает, имеет право на нормальные условия труда и отдыха. Как воспитанный и культурный человек, профессор считает, что с живым существом нужно обращаться только лаской. Своему ученику и помощнику Борменталю он дает наказ-предостережение: «На преступление не идите никогда, против кого бы оно ни было направлено. Доживите до старости с чистыми руками».
Уверенность в своей правоте, высокий культурный уровень, талант и масштаб личности позволяют ему в условиях сложной переломной эпохи не только сохранить свою жизнь, но и выйти победителем из столкновения с домкомом и Швондером.
В политических взглядах профессора много противоречий. Он, занимаясь наукой, живет замкнуто, интересуется театром, сознательно отгораживается от проблем. Революционные потрясения его раздражают, мешают работать. Воюя со Швондером, профессор еще не вполне понял, какую страшную, разрушительную силу в его лице допустили к власти, насколько опасны шариковы всех мастей. Ученый наивно считает, что городовой, приставленный к каждому человеку, может враз навести порядок в стране. Но у новой власти роль городовых выполняют швондеры и шариковы, готовые уничтожить и культуру, и неугодных людей.
Булгаков предостерегает человечество от безответственных экспериментов, подводит к осознанию опасности форсирования законов эволюции. Этим повесть актуальна и в наши дни. Писатель называет главную причину всех человеческих бед: уверенность в знании абсолютной истины и в собственной непогрешимости.