Недостатком системы, который осознавал и сам Линней, был её искусственный характер — таковыми, впрочем, являлись и все другие системы классификации, известные к тому времени, включая систему Чезальпино (основанную на признаках и строении плодов и семян), систему Рэя (учитывающую различные признаки растений, в том числе строение плодов и околоцветника, а также жизненную форму) и систему Турнефора (построенную на строении околоцветника). Во всех этих системах, включая систему Линнея, учёт ключевых для данной системы признаков оказывался недостаточным для того, чтобы установить естественные связи между систематическими группами растений. Однако ключевой признак системы Линнея — особенности половых органов растения — оказался более существенным по сравнению с ключевыми признаками предшествующих систем, а также более наглядным и удобным при практическом использовании, причём разобраться в терминологии и методологии её применения было доступно даже непрофессиональным натуралистам. В условиях имеющейся в XVIII веке острой надобности в описательных работах по инвентаризации объектов растительного мира такая система выгодно отличалась от предшествующих, особенно в условиях появившейся более точной терминологии и более простой (начиная со второй половины XVIII века) биноминальной ботанической номенклатуры.
Реформаторская деятельность Линнея была воспринята в ботаническом мире неоднозначно. Споры вокруг системы Линнея продолжалась долгие годы и в них были вовлечены многие авторитетные учёные разных стран. Вызывало сомнения само учение о половом процессе у растений; кроме того, находились ботаники, которые высказывались относительно того, что новое учение безнравственно, а потому должно быть отброшено.
Сам Линней воспринимал свою систему в первую очередь как служебную, имеющую практическое значение, предназначенную «для диагноза». Стремление же к построению естественной системы (системы, построенной по «естественному методу») Линней считал «первым и последним, к чему стремится ботаника», объясняя это тем, что «природа не делает скачков», а все растения «проявляют друг к другу сродство». Линней выделял естественные группы в своих работах (например, 67 групп, приведённых в «Философии ботаники»), однако при этом замечал, что это лишь «фрагменты» естественного метода и они «требуют изучения». По мнению историка Доннемана, ученики и последователи Линнея стали, к сожалению, рассматривать систему классификации Линнея как венец естествознания, не учитывая мнения самого создателя этой системы и видя основной целью своей деятельности познание как можно большего числа видов. В результате система Линнея со временем стала служить тормозом на пути развития науки — и такое положение наблюдалось до момента признания научным миром естественной системы классификации растений, разработанной Огюстеном Декандолем в 1820-е и 1830-е годы на основе систем Бернара Жюссьё и Антуана Жюссьё.
Использование системы Линнея продолжалось и в первой половине XIX века, но к середине XIX века она уже стала пережитком. В России в научной ботанической литературе эта система применялась со второй половины XVIII века до 1830-х годов, а в учебной и научно-популярной литературе — до конца XIX века.
Ботаник Иван Мартынов в своём сочинении «Три ботаника», вышедшем в 1821 году, писал, что в растительном царстве «сияют, как три великие светила, три систематика — Турнефор, Линней и Жюссьё», — прочие же «озаряют таинства природы, заимствуя свет свой от лучей сих гениев». Без понимания системы каждого из них, по мнению Мартынова, невозможно увидеть «зачатия методического познания сего царства». Непосредственно о системе Линнея Мартынов писал: «одарённый от природы всеми талантами, потребными для произведения переворота в Ботанике; одушевляемый деятельным умом, не позволяющим себе никакого покоя, когда ему остаётся что-либо увидеть или открыть, сокращая труд разыскания тем быстрым и точным взором, который всегда представляет предмет под надлежащею точкою зрения, Линней, дознав из многих опытов, что тычинки и пестики были истинными, едиными половыми органами растений, с выгодою воспользовался признаками сих двух органов для создания остроумной Системы, в коей все прозябаемые [то есть растения] сами, так сказать, ставятся на приличное им место».