В первом вопросе нет слов, указывающих на время совершения действия,поэтому возможны 2 варианта:
Why did Tom leave home so early?
Why has Tom left home so early?
Во втором вопросе в хвостике НИКАК не может быть глагол do,т.к. в главном предложении стоит Present Perfect, вспомогательный глагол has,он и пойдёт в хвостик.........,has she?
/