В годы Великой Отечественной войны работа государственного контроля была подчинена задаче быстрейшего разгрома врага. Наркомат государственного контроля осуществлял систематический оперативный контроль за выполнением решений Государственного Комитета Обороны и Совнаркома СССР по обеспечению поставок сырья, материалов, полуфабрикатов оборонной промышленности. Большая работа была проделана Наркоматом по контролю за ходом эвакуации промышленных предприятий на восток и восстановлению их на новых местах, в вопросах экономного расходования электроэнергии, топлива, металла и продовольствия.
Начиная с 1943 г. Народный комиссариат государственного контроля СССР начал издавать “Бюллетень государственного контроля” (вместо “Вестника государственного контроля”). Материалы, опубликованные в “Бюллетене” свидетельствовали об огромной работе проведенной государственным контролем по мобилизации и повышению эффективности экономики. Передовые статьи освещали работу по усилению режима экономии, повышению качества продукции, подготовку к весеннему севу, работу с кадрами, контроль за выполнением государственного бюджета, а также в области сельского хозяйства и снабжения населения продуктами питания и товарами. Множество публикаций было посвящено мобилизации внутренних резервов предприятий на удовлетворение нужд фронта, вопросам контроля за использованием производственных мощностей, топлива и электроэнергии, работе торговых организаций, борьбе с хищениями и разбазариванием товаров, производства товаров широкого потребления, вопросам роста производительности труда, анализа труда и заработной платы на промышленных предприятиях, контроля над учетом и другим проблемам. Большое количество материалов было опубликовано в качестве обмена опытом и в помощь контролерам. Постоянно публиковалась информация о деятельности Коллегии Народного комиссариата государственного контроля.